بر اساس شناسنامه، آیت الله سید مرتضی نجومی متولد ۲۶ بهمن ۱۳۰۷ است، هرچند در نوشته‌ای از خود او در پشت نسخه‌ای نفیس از نهج البلاغه، به نقل از پدرس ۲۳ جمادی الثانی ۱۳۴۶ مصادف با ۵ آذر ۱۳۰۷ در کرمانشاه ثبت شده است.
وی فرزند آیت‌الله سید محمد جواد نجومی فرزند آقاسید میرزا اسماعیل نجومی است. بر اساس شجره‌نامه‌ای که در پشت همان کتاب آمده سلسله سیادت او به امام چهارم شیعیان علی ابن الحسین می‌رسد. پدر و جدش آقا سیدمیرزا اسماعیل نجومی متولد کرمانشاه و از سادات بسیار بزرگ شهر کرمانشاه بودند و طول عمرشان را در آنجا سپری کردند. در سال ۱۳۱۴ در دبستان هدایت کرمانشاه به تحصیل پرداخت و تا کلاس ششم آنجا بود که بعد در سال ۱۳۲۱ و ۱۳۲۲ کلاس‌های اول و دوم دبیرستان را نیز گذراند و به تحصیل دروس حوزوی پرداخت. در شرایطی که مدرسهٔ علوم دینی‌ در کرمانشاه نبود، وی تحصیل علوم حوزوی را در محضر پدرش و دیگر استادهای شهر شروع کرد تا آنکه با گذشت چند ماه، علمای شهر به امر آیت‌الله آقا سید ابوالحسن اصفهانی، حوزهٔ علمیهٔ کرمانشاه را پایه‌گذاری کردند که در مسجد حاج شهباز خان برگزار می‌شد.
او در سال ۱۳۲۹ خورشیدی (۱۳۶۹ قمری) به شهر نجف رفت و در مدارس سیدمحمد کاظم یزدی، مدرسه آیت‌الله آخوند خراسانی، مدرسه «مرحوم حاج میرزا حسین حاج میرزا خلیل» و مدرسه مرحوم آخوند به تحصیل دروس حوزوی پرداخت و به درجه اجتهاد رسید. وی در سال ۱۳۳۴ با دختر یکی از علمای نجف، سید عباس ناجی که اصالتاً از اهالی آذربایجان ایران بود ازدواج کرد و از او سه پسر و سه دختر و تعدادی نوه به جای مانده است. در پی اخراج ایرانیان مقیم عراق توسط بعثیها او نیز در سال ۱۳۴۹ به کرمانشاه بازگشت. از آن به بعد در کرمانشاه زندگی کرد و به یکی از چهره‌های پرنفوذ معنوی شهر تبدیل شد. او در مسجد نواب نماز می‌گزارد که از جمله مساجد فعال شهر کرمانشاه است. در آثار به ثبت رسیده از او می‌توان به مجموعه عکسی از آثار خطی او، چند رساله ارزشمند با عناوینی چون رساله بعد معنوی هنر خط، رساله التصویر و التمثیل، رساله الغناء، رساله النجاسه الخمر، تفسیر سورهٔ مومن، و رساله‌ای در تعظیم شعائر اسلامی اشاره کرد.
از برترین‌های هنر خوش‌نویسی جهان بود که تابلوهای زیبایی از او به جا مانده‌است. او نزد خطاطان بزرگی همچون هاشم بغدادی و احمد نجفی به تمرین و ممارست پرداخت تا در انواع خطوط اسلامی استاد و در خط نسخ و ثلث صاحب‌نام شد و در تذهیب و تشعیر و تجلید و گل و بوته‌سازی آثاری ماندگار پدید آورد. در سال ۱۳۵۷ خورشیدی)۱۳۹۸ هجری قمری)، احمد معصومی زنجانی اجازه‌ای عربی در عالم خط برای او نوشت. او لوح تقدیر در نخستین گردهمائی و جشنواره خوشنویسان جهان را از آن خود نمود و نیز بعنوان چهرهٔ ماندگار ایران در عالم هنر مورد تقدیر قرار گرفت. وی سرانجام در ۲۵ آبان ۱۳۸۸ در سن ۸۱ سالگی و در منزل شخصی خود در کرمانشاه درگذشت.
روحش شاد.